【ncbiblast】NCBI BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是由美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information, NCBI）开发的一套用于序列比对的工具。它广泛应用于生物信息学领域，帮助研究人员在基因组、蛋白质等数据库中查找相似的序列片段，从而推断功能、进化关系或识别潜在的同源基因。
BLAST 通过将查询序列与数据库中的已知序列进行比对，提供匹配结果的统计显著性评分，如E值和得分。其核心算法旨在快速找到局部最佳匹配，适用于大规模数据集的分析。
以下是对 NCBI BLAST 的功能、使用方法及主要特点的总结：
| 项目 | 内容 |
| 名称 | NCBI BLAST |
| 全称 | Basic Local Alignment Search Tool |
| 开发者 | 美国国家生物技术信息中心（NCBI） |
| 用途 | 序列比对、同源基因识别、功能预测、进化分析 |
| 支持的序列类型 | DNA、RNA、蛋白质 |
| 主要工具 | BLASTN（核苷酸-核苷酸）、BLASTP（蛋白-蛋白）、BLASTX（核苷酸-蛋白）、TBLASTN（蛋白-核苷酸）、TBLASTX（核苷酸-核苷酸） |
| 数据库 | GenBank、RefSeq、UniProt 等 |
| 输出格式 | 文本、HTML、XML、JSON 等 |
| 常用参数 | E值、得分、最大匹配数、过滤器（如低复杂度区域） |
| 优点 | 快速、高效、用户友好、支持多种比对模式 |
| 局限性 | 对长序列或高相似性序列的处理可能不够精确 |
使用流程简述：
1. 准备查询序列：从本地文件或网页输入目标序列。
2. 选择比对工具：根据查询序列类型选择合适的 BLAST 工具（如 BLASTN 或 BLASTP）。
3. 选择数据库：指定要搜索的数据库（如 nr、nt、swissprot 等）。
4. 设置参数：调整 E 值阈值、最大结果数量等。
5. 执行比对：提交任务后，系统返回匹配结果。
6. 分析结果：查看比对图谱、序列相似性、E 值、得分等信息。
应用场景举例：
- 基因功能注释：通过比对已知功能的序列，推测未知基因的功能。
- 物种鉴定：利用基因序列比对确定样本来源。
- 进化研究：分析不同物种间的同源基因，构建进化树。
- 药物靶点发现：寻找与疾病相关的保守蛋白序列。
总结：
NCBI BLAST 是生物信息学中不可或缺的工具之一，凭借其高效的比对能力和广泛的适用性，成为科研人员在基因组分析、蛋白质研究等领域的重要助手。虽然其算法在某些情况下存在局限，但其易用性和强大的数据库支持使其持续受到广泛应用。对于初学者而言，掌握 BLAST 的基本操作和理解其输出结果是进入生物信息学领域的关键一步。